国际社会十分关注森林认证的作用机制问题，将其归为以下方面。
驱使经营者改善森林经营实践。在准备认证和获得认证、维持认证的长期过程中都体现出了这一点，尤其是针对每次认证审核提出的不达标项所实施的整改行动，具体体现了认证带来的森林经营实践的变化。例如，有学者研究表明，森林认证在森林经营方案、社区关系、工人培训、产销监管链，典型生态系统、高保护价值森林、濒危物种保护，伐区道路建设和工人健康安全等方面，都改善了经营实践。
支持替代性的生产模式。森林认证促使企业选用更符合可持续性要求的替代性生产模式或者经营模式。但前提需要扩大或者维护这些认证企业的市场，确保其市场准入和市场溢价；还需要提供扶持来扩大替代性实践的示范效应。
影响土地利用决策。森林认证的初衷就是通过提高森林的价值来遏制毁林，减轻毁林压力，并因此减缓了林地转变为牧场和其他非可持续的土地利用形式。如果认证效益足够高，林主将选择可持续经营森林而不是将其转化为其他用途。特别是当认证林产品的市场足够大时，就有可能遏制不可持续的森林经营方式或是毁林所带来的额外利润。
重新配置供应链。森林认证要求林产品生产企业整个供应链的产品都是可追溯的认证产品。因此，森林认证将上下游企业更稳定、更紧密地联系起来，不仅会促进林产品生产企业的区域化发展，更重要的是对林产品的传统供应链进行了重新配置。
强化政府法律法规和规章制度贯彻实施。森林认证标准要求认证申请者必须遵守国家与地方的法律法规和政府部门的各项规章制度，由此也强化了政府部门的执法和施政水平。例如，森林认证被直接纳入墨西哥的林业政策，南非和玻利维亚也将森林认证的一些标准要求转化为林业行业的政府要求，以此来促进森林的可持续经营。
落实并倡导绿色消费模式。随着公众绿色消费意识的日益提高，森林认证作为向消费者传递森林可持续经营信息的一种市场手段，已经得到越来越多消费者的认可，促进了绿色消费模式的推广。
